なつれNotes

一般向けに、'科学そのもの'と'科学者の思考法'を簡単に説明していきます。書評や雑記も書くよ。

蛋白質

pymolで周期境界の箱を描く方法:分子動力学で使用する計算系の描写

(1)本ページ下のコードをコピぺしてdrawBoudingBox.pyというファイルを作成 (2)pymol上のコマンドラインで run drawBoundingBox.py を実行 (3)再度コマンドライン上で drawBoundingBox と入力 これでpymol周期境界の箱を描くことができる。 *サンプ…

"ImportError: No module named pymol"を回避する方法:pymolのpythonスクリプトを使う

蛋白質の立体構造を描写するためのソフトウェアであるpymolは、pythonスクリプトをその内部で走らせることができる。しかしスクリプト内で import pymol と記述すると、MacOS上では ImportError: No module named pymol となり、使用できないことがある。 一…