なつれNotes

一般向けに、'科学そのもの'と'科学者の思考法'を簡単に説明していきます。書評や雑記も書くよ。

"ImportError: No module named pymol"を回避する方法:pymolのpythonスクリプトを使う

蛋白質の立体構造を描写するためのソフトウェアであるpymolは、pythonスクリプトをその内部で走らせることができる。しかしスクリプト内で

import pymol

と記述すると、MacOS上では

ImportError: No module named pymol

となり、使用できないことがある。

一つの解決策は、

pymol hoge.py -- var

とすることである。 このコマンドによって、引数varをhoge.pyに渡しhoge.pyをpymol上で走らせることができるようになる。以下例。

from pymol import cmd
import sys

#Usage:
#  pymol sys.argv[0] -- PDB_id
var = sys.argv[1]
cmd.fetch("1foo")

参考文献:Launching From a Script - PyMOLWiki