なつれNotes

一般向けに、'科学そのもの'と'科学者の思考法'を簡単に説明していきます。書評や雑記も書くよ。

物理学者はマルがお好き

この本の著者は、ケイス・ウエスタン・リザーヴ大学で物理学・天文学を教えている理論物理学者です。1993年に出版され、物理学者がどのように考えて研究しているかを教えてくれる本です。 不要なものは削ぎ落とす 物理学者は物事を簡単にして捉えようと…

教師あり学習・教師なし学習の違い

教師あり・教師なしって何が違うの? この疑問点を定性的に理解して解消します。 教師あり学習 硬貨で例えてみます。 ここに三つの硬貨1円、10円、100円があり、それぞれ3g、6g、10gであると仮定します。 これらの重さは硬貨の"特徴"(feature)と…

pymolで周期境界の箱を描く方法:分子動力学で使用する計算系の描写

(1)本ページ下のコードをコピぺしてdrawBoudingBox.pyというファイルを作成 (2)pymol上のコマンドラインで run drawBoundingBox.py を実行 (3)再度コマンドライン上で drawBoundingBox と入力 これでpymol周期境界の箱を描くことができる。 *サンプ…

Linux on windows:Windowsのフォルダはどこにある?

/mnt/c/以下にCドライブのフォルダがある。 Cドライブ内の、例えば、デスクトップ(/mnt/c/Users/USER_NAME/Desktop/)にリンクを以下のコマンドで作成すればすぐにWindowsのフォルダにアクセスできて便利。 ln -s /mnt/c/Users/USER_NAME/Desktop/ /home/us…

現在形、過去形、現在完了形の意味の違い

以下の例文を解析して、それぞれの意味の違いを理解してみよう。 Suzuki et al. report a method that employ newly developed laser. 鈴木が、定期的に(習慣的に)、ある方法を報告している、の意 Suzuki et al. reported a method that employ newly deve…

因果関係を表す接続詞(続き)

physin.hateblo.jp の続き。 because, since because, sinceはどちらも理由を示す接続詞である。インフォーマルな時にも使用される。 For the case of a Kelvin–Voigt material, the derivation of the fluctuation–dissipation theorem is simplified becau…

過去形と現在完了形の意味の差

過去形で Suzuki et al reported a method that employ newly developed laser. (実践日本人の英語) と書くとする。これだと、鈴木が過去に報告した手法は今ではそんなに影響力がないという意味を含むことになる。 一方、 Suzuki et al have reported a me…

因果関係を表す接続詞(because, since, as, therefore, and)

英語論文を書くときbecause, since, thereforeなどの因果関係を示す接続詞は必ず使うことになる。そこで今回はbecause, sinceといった因果関係を示す接続詞の使い方、意味を再確認しようと思う。 因果関係の強さ 因果関係の強さは上から、 so, therefore, co…

"ImportError: No module named pymol"を回避する方法:pymolのpythonスクリプトを使う

蛋白質の立体構造を描写するためのソフトウェアであるpymolは、pythonスクリプトをその内部で走らせることができる。しかしスクリプト内で import pymol と記述すると、MacOS上では ImportError: No module named pymol となり、使用できないことがある。 一…